Perbezaan antara primer PCR dan primer penjujukan

Perbezaan utama - Primer PCR vs Urutan Primer
 

Dengan perkembangan baru -baru ini dalam bidang biologi molekul, teknik genetik yang berbeza telah dibangunkan yang menjadikan proses penyiasatan pelbagai saluran dari subjek mudah dan tepat. PCR dan prosedur penjujukan lain adalah dua teknik penting. Mereka menggunakan subkomponen yang berbeza. Primer dianggap sebagai sub-komponen utama yang biasa untuk kedua-dua PCR dan teknik penjujukan. Primer PCR digunakan untuk menguatkan urutan DNA tertentu sementara sPrimer Menyesuaikan digunakan dalam konteks penjujukan serpihan DNA dengan niat untuk mendedahkan urutan khusus urutan nukleotida. Ini adalah Perbezaan utama antara primer PCR dan primer penjujukan.

Kandungan

1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apakah primer PCR
3. Apa itu Primer Penjujukan
4. Persamaan antara primer PCR dan primer penjujukan
5. Perbandingan sampingan - Primer PCR vs penjujukan primer dalam bentuk jadual
6. Ringkasan

Apakah primer PCR?

Reaksi rantai polimerase (PCR) adalah teknik genetik yang digunakan dalam bidang biologi molekul untuk menguatkan satu atau beberapa salinan segmen DNA tertentu dan untuk mendapatkan berjuta -juta salinan yang sama. Dalam tindak balas PCR, komponen yang berbeza digunakan termasuk primer. Primer adalah helai DNA pendek dengan panjang nukleotida 18-25 menjadikannya serasi dengan permulaan dan rantau akhir serpihan DNA untuk dikuatkan. Primer boleh menjadi primer ke hadapan dan primer terbalik. Primer ini mengikat serpihan DNA pada titik -titik tertentu di mana ia menjadikan polimerase DNA untuk mengikat primer tertentu di lokasi dan memulakan sintesis helai DNA baru.

Pemilihan primer adalah aspek penting dalam proses PCR. Pemilihan panjang primer adalah penting. Panjang yang ideal ialah 18-25 nukleotida. Sekiranya panjangnya terlalu pendek atau terlalu panjang, primer tidak akan mengikat urutan DNA untuk dikuatkan dengan tepat. Primer yang terlalu pendek panjang membawa kepada penyepuh primer yang tidak spesifik di lokasi yang berbeza dari urutan DNA.

Rajah 01: Primer PCR

Kandungan guanine dan sitosin (GC) dalam primer yang baik harus berada dalam lingkungan 40-60. Suhu penyepuh primer dan suhu lebur adalah faktor penting semasa PCR. Suhu lebur harus dikira dengan tepat, dan suhu penyepuh primer harus 5 ⁰C kurang daripada suhu lebur. Suhu lebur hendaklah 60 ° C dan 75 ° C. Terlalu tinggi atau terlalu rendah suhu akan menghasilkan aktiviti polimerase DNA yang kurang aktif.

Apa itu Primer Penjujukan?

Primer penjujukan digunakan dalam konteks penjujukan serpihan DNA dengan niat untuk mendedahkan identiti spesifiknya. Untuk mendapatkan hasil penjujukan yang baik primer dan templat berkualiti tinggi adalah penting. Oleh itu, apabila primer dipilih, mereka harus unik ke rantau tertentu di mana kita ingin urutan. Ia juga harus dengan orientasi yang betul di mana urutan biasanya dihasilkan dari 3 hingga 5 'hujung primer. Urutan sepatutnya tidak mempunyai hibridasi diri yang tidak diingini seperti pembentukan gelung rambut. Ia tidak boleh mengandungi pembentukan asas guanin berturut -turut.

Suhu lebur (TM) primer mesti sesuai untuk keadaan penjujukan. Oleh itu, ia harus terletak di antara 52^oC dan 74^oC. Penyediaan oligonukleotida untuk digunakan sebagai primer harus disucikan untuk mendapatkan panjang penuh urutan yang dikehendaki. Sekiranya oligonukleotida mengandungi kekotoran, isyarat urutan primer akan ditumpangkan dari tapak priming yang berbeza, dan ia juga akan mengurangkan bilangan sel asas.

Rajah 02: Primer penjujukan

Suhu lebur primer (TM) dari oligonukleotida menentukan, betapa kuatnya helai DNA pelengkap yang hibrid antara satu sama lain. TM boleh dianggap sebagai pengiraan termodinamik di mana ia bergantung kepada kedua -dua urutan DNA dan beberapa keadaan seperti kepekatan garam. TM adalah penting semasa PCR di mana varian yang dipanggil penjujukan kitaran digunakan untuk menghasilkan sekumpulan serpihan yang ditamatkan dideoxynucleotide. Di sini, primer yang disusun pada mulanya akan disebarkan secara alternatif, kemudian dilanjutkan dan akhirnya denatured untuk penguatan. Oleh itu, nilai TM harus berada di antara 52^oC dan 74^o C. Oligonukleotida yang disintesis boleh didapati dari makmal sintesis DNA/RNA mengikut pilihan. Skala sintesis kecil yang digunakan untuk penjujukan DNA biasanya 50 nmol. Juga yang paling penting primer yang digunakan untuk penjujukan harus disucikan untuk bebas dari kekotoran yang akan menghalang pengurangan kualiti.

Apakah persamaan antara primer PCR dan primer penjujukan?

• Kedua -dua primer PCR dan primer penjujukan adalah primer yang digunakan dalam proses penguatan urutan DNA yang disasarkan.
• Kedua -dua primer PCR dan primer penjujukan terdiri daripada nukleotida.
• Kedua -dua primer PCR dan primer penjujukan adalah oligomer pendek.

Apakah perbezaan antara primer PCR dan primer penjujukan?

Ringkasan - PCR Primers vs Urutan Primer

Primer penjujukan digunakan dalam konteks penjujukan serpihan DNA dengan niat untuk mendedahkan identiti spesifiknya. Satu primer penjujukan akan cukup untuk menjalankan proses. Untuk mendapatkan hasil penjujukan yang baik, primer dan templat berkualiti tinggi adalah penting. Oleh itu, apabila primer dipilih, mereka harus unik ke rantau tertentu di mana kita ingin urutan. Primer PCR adalah helai DNA pendek dengan panjang nukleotida 18-25 yang serasi dengan permulaan dan rantau akhir serpihan DNA yang akan dikuatkan. Primer PCR boleh menjadi primer ke hadapan dan primer terbalik. Kandungan guanine dan sitosin (GC) dalam primer yang baik harus berada dalam lingkungan 40-60. Suhu penyepuh primer dan suhu lebur adalah aspek penting semasa PCR. Ini adalah perbezaan antara primer PCR dan primer penjujukan.

Rujukan:

1."Reaksi rantai polimerase (PCR)."Akademi Khan. Terdapat di sini
2."Penjejakan primer dan reka bentuk primer."Primer Penjejakan dan Reka Bentuk Primer | Perkhidmatan DNA Teras Universiti | Universiti Calgary. Terdapat di sini    

Ihsan gambar:

1.'Primers Revcomp'by Zephyris - Kerja Sendiri, (CC BY -SA 3.0) melalui Commons Wikimedia 
2.'DNA Sequencin 3 Labeling Methods'by Abizar (pemuat naik asal) di Wikipedia Bahasa Inggeris - Dipindahkan oleh Gustavocarra., (Domain Awam) melalui Wikimedia Commons