Perbezaan antara metagenomik dan metatranskrip

The Perbezaan utama Antara metagenomik dan metatranskrip bergantung pada jenis biomolekul yang dikaji di setiap kawasan. Metagenomik Kajian DNA, urutannya dan kelakuannya dalam organisma, manakala metatranscriptomics mengkaji DNA yang ditranskripsikan, terutamanya urutan mRNA dan kelakuannya dalam organisma.

Metagenomik dan metatranskrip adalah dua bidang yang mendapat banyak populariti selama bertahun -tahun berhubung dengan komuniti mikroba. Mereka penting dalam penjagaan kesihatan, industri dan bioteknologi pertanian. Kedua -dua metagenomik dan metatranskripik membolehkan kajian organisma individu dalam komuniti dan peranan fungsinya sama ada bermanfaat atau berbahaya.

Kandungan

1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apa itu metagenomik 
3. Apakah metatranskrip
4. Persamaan antara metagenomik dan metatranskrip
5. Perbandingan sampingan - metagenomik vs metatranskrip dalam bentuk jadual
6. Ringkasan

Apa itu metagenomik?

Metagenomik adalah bidang pengajian yang meneroka asid deoxyribonucleic (DNA). Ia paling relevan dengan komuniti mikroba. Juga, ia adalah bidang yang lebih maju berbanding dengan genomik. Dalam genomik, analisis DNA organisma tertentu berlaku. Walau bagaimanapun, metagenomik melibatkan analisis bahan genetik di seluruh komuniti organisma. Oleh itu, ini membolehkan mengkaji tingkah laku komuniti organisma yang berkaitan dengan satu keadaan atau satu persekitaran.

Rajah 01: metagenomik

Teknik utama yang terlibat dalam kajian metagenomik adalah penjujukan generasi akan datang (NGS) yang menggunakan teknologi mikro-anak. Kaedah NGS dapat menganalisis pelbagai organisma dalam tindak balas tunggal untuk kehadiran atau ketiadaan urutan DNA tertentu. Urutan DNA ini mungkin bertanggungjawab untuk keadaan penyakit tunggal atau keadaan alam sekitar. Oleh itu, menggunakan pengetahuan metagenomik, pemeriksaan organisma dapat dilakukan dengan mudah dan tepat. Penjujukan semasa NGS berlaku dalam bacaan pendek dan profil DNA organisma berlaku. Urutan DNA 16S adalah urutan popular yang dikaji dalam metagenomik mengenai mikroorganisma.

Berikutan penjujukan komuniti organisma, penjajaran urutan harus dilakukan. Alat seperti alat urutan penjajaran tempatan asas (letupan) digunakan untuk memenuhi tugas penjajaran. Berikutan penjajaran, pokok filogenetik memberikan hubungan setiap organisma dalam masyarakat dan butiran mengenai tingkah lakunya.

Apakah metatranskrip?

MetaTranscriptomics adalah bidang pengajian yang berkaitan dengan transkrip organisma. Transkrip ini membentuk keseluruhan urutan RNA yang disalin semasa transkripsi DNA. Urutan mRNA yang terdapat dalam transkrip memberikan maklumat mengenai ungkapan genetik. MetaTranscriptomics adalah analisis pelbagai transkrip di seluruh populasi atau komuniti.

Rajah 02: Analisis transkrip

Kajian metaTranscriptomics juga menggunakan teknologi microarray untuk mencari urutan urutan baca pendek. Selain itu, metaTranscriptomics juga melibatkan analisis bioinformatik yang menyeluruh menggunakan alat penjajaran dan kaedah reka bentuk pokok. Walau bagaimanapun, bidang metaTranscriptomics jauh lebih sukar berbanding dengan metagenomik. Pengekstrakan mRNA atau RNA secara keseluruhannya tidak semudah itu. Oleh kerana RNA sangat terdedah kepada kemusnahan dan mempunyai masa hidup yang sangat singkat, penyelenggaraan dan penyimpanan ini mungkin menjadi pertanyaan yang mungkin.

Apakah persamaan antara metagenomik dan metatranskrip?

• Metagenomik dan metatranskrip adalah teknik throughput yang tinggi untuk menganalisis komuniti organisma, terutamanya komuniti mikroba.
• Kedua -dua teknik menggunakan teknologi microarray untuk menyimpulkan penemuan.
• Hasil yang diperoleh sering dianalisis menggunakan penjajaran letupan dan pokok filogenetik.
• Selain itu, kedua -dua teknik tidak memberi tumpuan kepada satu organisma, tetapi kumpulan atau organisma masyarakat.
• Selain itu, kedua -dua konsep juga dikaji kebanyakannya berhubung dengan mikrob - sebab utama menjadi peranan mereka.

Apakah perbezaan antara metagenomik dan metatranskrip?

Metagenomik dan metatranskrip melibatkan analisis bahan genetik dalam komuniti organisma. Oleh itu, metagenomik menyangkut corak dan urutan DNA sedangkan metatranskrip merujuk kepada analisis mRNA atau DNA yang ditranskripsikan. Jadi, ini adalah perbezaan utama antara metagenomik dan metatranskrip.

Selain itu, prosedur pengekstrakan berbeza dalam kedua -dua teknik; metagenomik melibatkan prosedur pengekstrakan DNA dan metatranskrip melibatkan prosedur pengekstrakan RNA. Oleh itu, ini juga merupakan perbezaan yang signifikan antara metagenomik dan metatranskrip.

Infographic di bawah meringkaskan perbezaan antara metagenomik dan metatranskrip:

Ringkasan -Metagenomik vs metatranskrip

Metagenomik dan metatranskrip adalah bidang pengajian novel yang menganalisis komuniti organisma untuk keadaan tertentu. Oleh itu, metagenomik merujuk kepada analisis urutan DNA. Sebaliknya, metaTranscriptomics merujuk kepada analisis urutan RNA atau produk DNA yang ditranskripsikan. Sehubungan ini, metatranscriptomics membolehkan pengenalpastian ekspresi gen untuk kes tertentu. Kedua -duanya penting dalam menganalisis mutasi dan kesannya. Ini adalah teknik yang cepat dan lebih dipercayai yang digunakan terlebih dahulu diagnosis. Oleh itu, ini adalah ringkasan perbezaan antara metagenomik dan metatranskrip.

Rujukan:

1. Aguiar-Pulido, Vanessa, et al. "Metagenomik, metatranskrip, dan pendekatan metabolomik untuk analisis mikrobiologi."Evolusi Bioinformatik Online, Libertasacademica, 12 Mei 2016, boleh didapati di sini.

Ihsan gambar:

1. "PCBI.1002808.G001 "oleh angka phylogeny (CC oleh 2.0) melalui Flickr
2. "Transkrip Rajah 3" oleh Danny556 (bercakap)-buatan sendiri (c oleh-sa 3.0) melalui Flickr