Apakah perbezaan antara HG19 dan HG38

The Perbezaan utama antara HG19 dan HG38 adalah bahawa HG19 adalah genom rujukan manusia yang mempunyai 7 wilayah dengan loci alternatif, sementara HG38 adalah genom rujukan manusia yang mempunyai 207 wilayah dengan loci alternatif.

Rujukan Genom memainkan peranan penting dalam pemetaan urutan DNA untuk analisis berasaskan filogenetik dan bioinformatik. Ia mewakili satu set lengkap gen organisma. Dalam erti kata lain, ia adalah perwakilan urutan genom organisma. Terdapat pelbagai genom rujukan yang tersedia secara bebas untuk digunakan untuk pemetaan genomik. Pangkalan Data Refseq NCBI adalah salah satu sumber umum jenis genom rujukan. Ia terdiri daripada genom rujukan organisma yang berbeza, termasuk prokariot, eukariot, dan virus. Terdapat dua jenis utama rujukan genom manusia seperti HG19 atau GRCH37 dan HG38 atau GRCH38. Mereka adalah perhimpunan genom manusia yang dibangunkan oleh Konsortium Rujukan Genom (GRC).

Kandungan

1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apa itu HG19 
3. Apa itu HG38
4. Persamaan -HG19 dan HG38
5. HG19 vs HG38 dalam bentuk jadual
6. Ringkasan -HG19 vs HG38

Apa itu HG19?

HG19, juga dikenali sebagai Konsortium Rujukan Genome Manusia Build 37 (GRCH37), adalah genom rujukan yang diterbitkan pada tahun 2009 oleh Konsortium Rujukan Genome. Ia adalah genom haploid dengan loci alternatif. Terdapat 7 wilayah yang menggambarkan loci alternatif dalam genom rujukan HG19. Genom rujukan HG19 telah dibangunkan dengan menyusun klon siap yang diperoleh dari projek genom manusia. Selain itu, produk PCR dan urutan senapang patah juga digunakan dalam membina genom rujukan HG19.

Jumlah panjang urutan genom rujukan HG19 ialah 3,101,788,170 bps, dan ia terdiri daripada 249 perancah. Tambahan pula, terdapat 271 jurang antara perancah. Semasa mempertimbangkan bilangan klon dalam urutan komponen, terdapat 27,054 klon. Genom rujukan terdiri daripada jumlah 24 kromosom dan plasmid.

Apa itu HG38?

HG38, yang juga dikenali sebagai Konsortium Rujukan Genome Manusia Build 38 (GRCH38), adalah genom rujukan manusia yang paling terkini yang dibangunkan oleh Konsortium Rujukan Genom pada tahun 2017. Beberapa loci telah ditambah kepada genom, dan kemas kini baru -baru ini juga dikeluarkan pada bulan Mac 2022. Terdapat 207 wilayah yang menggambarkan loci alternatif, yang bertambah baik daripada versi HG19. Genom rujukan HG38 mempunyai 349 jurang dalam genom. Jurang ini kebanyakannya di kawasan telomere, centromere, dan di antara urutan berulang yang panjang. Produk PCR dan urutan senapang digunakan untuk mengisi jurang di mana perlu.

Rajah 02: HG38

Jumlah panjang urutan genom rujukan Hg38 ialah 3,099,734,149 bps, dan ia terdiri daripada 473 perancah. Apabila mempertimbangkan bilangan klon dalam urutan komponen, terdapat 35,614 klon. Genom rujukan HG38 terdiri daripada jumlah 24 kromosom dan plasmid.

Apakah persamaan antara HG19 dan HG38?

• HG19 dan HG38 adalah urutan DNA.
• Kedua -dua genom diperolehi selepas selesai projek genom manusia.
• Selain itu, mereka bertindak sebagai urutan rujukan untuk genom manusia.
• Kedua -dua urutan telah dibangunkan oleh Konsortium Rujukan Genom.
• Selain itu, mereka terdiri daripada jurang dalam genom rujukan.
• Kedua -dua HG19 dan HG38 mempunyai 24 kromosom dan plasmid dalam genom mereka.
• Aplikasi kedua -dua Hg19 dan Hg38 diperhatikan secara meluas dalam bioinformatik dan analisis filogenetik.

Apakah perbezaan antara HG19 dan HG38?

Genom rujukan HG19 mempunyai 7 kawasan dengan loci alternatif, manakala genom rujukan HG38 mempunyai 207 wilayah dengan loci alternatif. Oleh itu, ini adalah perbezaan utama antara HG19 dan HG38. Walaupun genom rujukan HG19 dibangunkan pada tahun 2009, genom rujukan HG38 telah dibangunkan pada tahun 2017. Selain itu, terdapat 271 jurang antara perancah dalam genom HG19, manakala genom HG38 mempunyai 349 jurang.

Infographic di bawah membentangkan perbezaan antara HG19 dan HG38 dalam bentuk jadual untuk perbandingan bersebelahan.

Ringkasan -HG19 vs HG38

HG19 dan HG38 adalah genom rujukan manusia yang dibangunkan oleh Konsortium Rujukan Genom. Mereka penting dalam gen pemetaan manusia untuk menyelesaikan analisis bioinformatik dan filogenetik. HG19 Rujukan Genome mempunyai 7 kawasan dengan loci alternatif. HG38 Rujukan Genome mempunyai 207 wilayah dengan loci alternatif. Genom rujukan HG19 telah dibangunkan pada tahun 2009, manakala genom rujukan HG38 telah dibangunkan pada tahun 2017. Bilangan jurang antara perancah setiap genom rujukan juga berbeza. Dalam hal ini, HG38 mempunyai lebih banyak jurang yang mempamerkan sifat maju. Jadi, ini meringkaskan perbezaan antara HG19 dan HG38.

Rujukan:

1. Caetano-Anolles, Derek. "Rujukan Genom Manusia dibina - GRCH38 atau HG38 - B37."Gatk.
2. Nurk, Sergey, et al. "Urutan lengkap genom manusia."Biorxiv, Makmal Cold Spring Harbour.
3. "GRCH37 - HG19 - Genome - Assembly - NCBI."Pusat Kebangsaan Maklumat Bioteknologi, U.S. Perpustakaan Perubatan Negara.
4. "GRCH38 - HG38 - Genome - Assembly - NCBI."Pusat Kebangsaan Maklumat Bioteknologi, U.S. Perpustakaan Perubatan Negara.

Ihsan gambar:

1. "Penyemak Imbas Genom Bersepadu 9.1.0 Menunjukkan Kromosom 1 Perhimpunan Genom Manusia HG38 "oleh Aloraine - Kerja Sendiri (CC BY -SA 4.0) melalui Commons Wikimedia