Apakah perbezaan antara Golden Gate dan Gibson Assembly

The Perbezaan utama Antara Golden Gate dan Gibson Assembly Adakah Golden Gate bergantung pada kehadiran tapak sekatan dalam urutan tertentu untuk diklonkan, sementara perhimpunan Gibson tidak bergantung pada kehadiran tapak sekatan dalam urutan tertentu untuk diklon.

Sepanjang dekad yang lalu, saintis molekul telah membangunkan pelbagai prosedur piawai yang membolehkan pemasangan lebih mudah dari pelbagai serpihan DNA menjadi satu bahagian. Oleh itu, kaedah pengklonan seperti ligation enzim sekatan, pengklonan gerbang, perhimpunan Gibson, pemasangan gerbang emas, dan pengklonan topo digunakan secara meluas oleh penyelidik dalam eksperimen saintifik. Oleh itu, Golden Gate dan Gibson Assembly adalah dua kaedah pengklonan molekul yang membolehkan pemasangan serpihan pelbagai DNA menjadi satu bahagian.

Kandungan

1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apa itu Golden Gate Assembly
3. Apa itu Perhimpunan Gibson
4. Persamaan -Golden Gate dan Gibson Assembly
5. Golden Gate vs Gibson Assembly dalam bentuk jadual
6. Ringkasan

Apa itu Golden Gate Assembly?

Golden Gate adalah kaedah pengklonan molekul yang memudahkan pemasangan serpihan DNA berganda ke dalam satu bahagian. Kaedah ini bergantung pada kehadiran tapak sekatan dalam urutan tertentu untuk diklonkan. Ia berasal pada tahun 1996. Teknik ini menggunakan enzim sekatan IIS jenis dan ligase DNA T4. Enzim -enzim ini memotong DNA di luar tapak pengiktirafan. Mereka boleh mencipta overhangs bukan palindromik. Oleh itu, pelbagai serpihan DNA boleh dipasang menggunakan kombinasi urutan overhang.

Rajah 01: Pintu Emas

Prosedur pemasangan gerbang emas

Teknik Golden Gate mempunyai tiga langkah utama dalam prosedurnya:

• Penciptaan Overhangs dalam Vektor Pengklonan,
• pemasangan pelbagai sisipan DNA dengan menggunakan urutan spesifik serpihan dalam overhangs, dan
• ligation.

Perhimpunan Golden Gate menggunakan vektor pengklonan bulat (vektor destinasi). Selain itu, dalam kaedah ini, tapak sekatan dihapuskan dari produk yang disambungkan untuk menjalankan pencernaan dan ligation serentak. Protokol kitaran haba biasa untuk pintu gerbang emas berayun antara 37 ° C dan 16 ° C kerana 37 ° C adalah optimum untuk enzim sekatan dan 16 ° C adalah optimum untuk ligase.

Apa itu Perhimpunan Gibson?

Perhimpunan Gibson adalah kaedah pengklonan molekul yang membolehkan pemasangan serpihan DNA berganda menjadi satu bahagian. Tidak seperti kaedah Golden Gate, kaedah ini tidak bergantung pada kehadiran tapak sekatan dalam urutan tertentu untuk diklonkan. Ia ditemui oleh Daniel G. Gibson dari J. Institut Craig Venter. Teknik ini adalah jenis urutan dan kaedah pengklonan bebas ligase (SLIC).

Rajah 02: Perhimpunan Gibson

Prosedur Perhimpunan Gibson

Perhimpunan Gibson memerlukan serpihan DNA yang mengandungi 20-40 pasangan asas bertindih dengan serpihan DNA bersebelahan. Tumpang tindih ditambah melalui PCR. Kemudian serpihan DNA ini ditambah kepada campuran maser Gibson yang mempunyai tiga enzim.  Prosedur ini dijalankan di bawah keadaan isoterma (50 ° C selama 1 jam) menggunakan tiga enzim yang berbeza: exonuclease, polimerase DNA dan ligase DNA. Exonuclease mengunyah kembali DNA dari akhir 5 '. Oleh itu, ia tidak menghalang aktiviti polimerase dan membenarkan tindak balas untuk meneruskan dalam satu proses. Kawasan tunggal yang terhasil pada serpihan DNA bersebelahan dapat disalurkan kerana urutan tumpang tindih. Polimerase DNA mengisi jurang dengan menambahkan nukleotida. Akhirnya, ligase DNA secara kovalen menyertai DNA segmen bersebelahan. Biasanya, pemasangan Gibson menggunakan vektor destinasi linearized. Selain itu, kaedah ini secara serentak menggabungkan sehingga 15 serpihan DNA berdasarkan persamaan urutan.

Persamaan antara Golden Gate dan Gibson Assembly

• Golden Gate dan Gibson Assembly adalah dua kaedah pengklonan molekul.
• Kedua -dua kaedah boleh memasang pelbagai serpihan DNA ke dalam satu bahagian.
• Kaedah ini menggunakan vektor destinasi.
• Kedua -dua kaedah menggunakan Cycler Thermal untuk pemasangan serpihan DNA berganda.
• Ia digunakan di tapak yang diarahkan mutagenesis.

Perbezaan antara Golden Gate dan Gibson Assembly

Golden Gate adalah kaedah pengklonan molekul yang digunakan dalam pemasangan pelbagai serpihan DNA ke dalam satu bahagian yang bergantung pada kehadiran tapak sekatan dalam urutan tertentu untuk diklonkan, manakala pemasangan Gibson adalah kaedah pengklonan molekul yang digunakan dalam pemasangan pelbagai serpihan DNA menjadi sekeping tunggal tanpa bergantung pada kehadiran tapak sekatan dalam urutan tertentu untuk diklonkan. Ini adalah perbezaan utama antara Golden Gate dan Gibson Assembly. Tambahan pula, kaedah Golden Gate menggunakan vektor destinasi bulat, manakala kaedah pemasangan Gibson menggunakan vektor destinasi linearized.

Infographic berikut tabulasi perbezaan antara Golden Gate dan Gibson Assembly.

Ringkasan -Golden Gate vs Gibson Assembly

Pengklonan molekul adalah kaedah yang digunakan untuk memasang molekul DNA rekombinan dan mengarahkan replikasi mereka dalam organisma tuan rumah. Golden Gate dan Gibson Assembly adalah dua kaedah pengklonan molekul yang membolehkan pemasangan pelbagai serpihan DNA menjadi satu bahagian. Kaedah Golden Gate bergantung pada kehadiran tapak sekatan dalam urutan tertentu untuk diklonkan, sementara perhimpunan Gibson tidak bergantung pada kehadiran tapak sekatan dalam urutan tertentu untuk diklon. Oleh itu, ini adalah perbezaan utama antara Golden Gate dan Gibson Assembly.

Rujukan:

1. "Perhimpunan Golden Gate."New England Biolabs: Reagen untuk Industri Sains Hayat.

Ihsan gambar:

1. "Golden Gate Assembly" oleh Lee Yun Jie - Kerja Sendiri (CC BY -SA 4.0) melalui Commons Wikimedia
2. "Gambaran Keseluruhan Perhimpunan Gibson" oleh Tobias Vornholt - Kerja Sendiri (CC BY -SA 4.0) melalui Commons Wikimedia