Perbezaan antara penjujukan genom keseluruhan dan penjujukan exome

The Perbezaan utama antara penjujukan genom keseluruhan dan penjujukan exome ialah urutan genom keseluruhan urutan keseluruhan genom organisma manakala urutan penjujukan exome hanya exome atau gen pengekodan protein dari organisma.

Penjujukan adalah teknik yang menentukan susunan nukleotida yang tepat dalam molekul DNA tertentu. Ia hanya mencerminkan urutan yang betul dari empat pangkalan; adenine (a), guanine (g), sitosin (c) dan timin (t) dalam serpihan DNA. Terdapat beberapa kaedah penjujukan seperti penjujukan sanger, penjujukan generasi akan datang, dan lain-lain. Selain itu, sama ada genom lengkap organisma (penjujukan genom keseluruhan) atau hanya gen pengekodan protein dalam genom (penjujukan exome) boleh menjalani penjujukan.

Kandungan

1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apakah penjujukan genom keseluruhan
3. Apakah penjujukan exome
4. Persamaan antara penjujukan genom keseluruhan dan penjujukan exome
5. Perbandingan sampingan - penjujukan genom keseluruhan vs penjujukan exome dalam bentuk jadual
6. Ringkasan

Apakah penjujukan genom keseluruhan?

Genom manusia mengandungi hampir tiga bilion pasang asas DNA. Keseluruhan penjujukan genom adalah kaedah yang menyusun genom lengkap organisma. Oleh itu, dalam penjujukan genom keseluruhan, pertimbangannya adalah pada keseluruhan koleksi molekul DNA termasuk exomes, intron, ruang intergenik, dan lain -lain. Selain itu, keseluruhan urutan penjujukan genom bukan sahaja genom yang berada di dalam nukleus tetapi juga DNA mitokondria juga.

Rajah 01: penjujukan genom keseluruhan

Dalam menyediakan penjujukan ini, langkah pertama adalah untuk mengekstrak seluruh DNA. Kemudian, DNA yang diekstrak menjalani prosedur penjujukan menggunakan kaedah penjujukan yang sesuai. Dengan menganalisis urutan yang dihasilkan, menggunakan alat bioinformatik, kita dapat mengetahui penyakit jarang, kanser, penyakit berjangkit, dan lain -lain.

Apakah penjujukan exome?

Exome adalah sebahagian daripada genom yang mengandungi kira -kira 1.5% daripada genom, dan ia adalah koleksi exon. Exon adalah urutan yang menyalin mRNA dan kemudian ke produk protein akhir. Oleh itu, urutan penjujukan exome keseluruhan urutan pengekodan protein dalam genom. Exome Sequencing mendedahkan gangguan genetik kerana kebanyakan gangguan genetik timbul akibat mutasi gen pengekodan protein. Oleh itu, proses diagnostik gangguan genetik sering menggunakan penjujukan exome sebagai kaedah untuk mendiagnosis penyakit. Juga, apabila membandingkan dengan keseluruhan aplikasi penjujukan genom untuk ujian genetik, penjujukan exome mengambil sedikit masa untuk digunakan dan lebih murah.

Rajah 02: penjujukan exome

Dalam penjujukan exome, pertama, perlu memilih hanya urutan pengekodan protein dari jumlah DNA. Perhatikan bahawa manusia mempunyai urutan pengekodan protein sekitar 180000. Kemudian, exome disusun menggunakan kaedah penjujukan throughput yang tinggi.

Apakah persamaan antara penjujukan genom keseluruhan dan penjujukan exome?

• Penjujukan genom keseluruhan dan penjujukan exome adalah dua aplikasi penjujukan.
• Kedua -dua kaedah berguna dalam menentukan urutan urutan nukleotida yang betul dalam kedua -dua kaedah.
• Juga, bioinformatik membantu dalam kedua -dua teknik untuk menganalisis data.

Apakah perbezaan antara penjujukan genom keseluruhan dan penjujukan exome?

Urutan genom keseluruhan urutan keseluruhan DNA genom organisma, sementara urutan penjujukan exome hanya urutan pengekodan protein dari genom. Oleh itu, ini adalah perbezaan asas antara penjujukan genom keseluruhan dan penjujukan exome. Juga, walaupun kedua-dua kaedah digunakan secara meluas untuk menentukan urutan urutan nukleotida yang betul, penjujukan genom keseluruhannya mahal dan memakan masa daripada penjujukan exome.

Infographic di bawah ini membezakan perbezaan antara penjujukan genom keseluruhan dan penjujukan exome.

Ringkasan -penjujukan genom keseluruhan vs penjujukan exome

Urutan mendedahkan susunan asas asas dalam serpihan DNA dan ia boleh sama ada penjujukan genom keseluruhan atau penjujukan exome. Di sini, urutan genom keseluruhan genom genom lengkap organisma manakala urutan penjujukan exome hanya urutan pengekodan protein dalam genom. Memandangkan aplikasi mereka, keseluruhan penjujukan genom membantu dalam menganalisis penyimpangan genetik seperti variasi nukleotida tunggal, penghapusan, penyisipan, dan lain -lain. dalam keseluruhan genom sementara penjujukan exome membantu dalam mengesan penyakit genetik. Oleh itu, ini adalah perbezaan antara penjujukan genom keseluruhan dan penjujukan exome.

Rujukan:

1."Whole-genome vs. Urutan keseluruhan vs. Panel penjujukan yang disasarkan."Healio, Slack Incorporated. Terdapat di sini  
2."Apakah penjujukan keseluruhan dan penjujukan genom keseluruhan? - Rujukan Rumah Genetik - NIH."U.S. Perpustakaan Perubatan Negara, Institut Kesihatan Nasional. Terdapat di sini  

Ihsan gambar:

1."Penjejakan senapang patah genom keseluruhan berbanding jujukan senapang hierarki" oleh Commins, J., Toft, c., Tambang, m. A. - "Kaedah biologi pengiraan dan aplikasi mereka kepada genomik perbandingan bakteria simbiotik endoselular serangga."(CC BY-SA 2.5) Melalui Wikimedia Commons  
2."Aliran Kerja Exome Sequencing 1A" oleh Sarahkusala - Kerja Sendiri, (CC oleh 3.0) melalui Commons Wikimedia