Perbezaan antara Sybr Green dan Taqman
Perbezaan utama - SYBR Green vs Taqman
Sybr Green dan Taqman adalah dua kaedah yang digunakan untuk mengesan atau menonton proses penguatan PCR masa nyata. SYBR Green adalah kaedah berdasarkan pewarna pewarnaan asid nukleik interkalasi manakala Taqman adalah kaedah berdasarkan probe hidrolisis. Kedua-dua teknologi direka untuk menjana pendarfluor semasa PCR, yang membolehkan mesin PCR masa nyata memantau reaksi dalam "masa nyata". Kaedah Hijau SYBR dijalankan menggunakan pewarna neon yang dipanggil SYBR Green dan mengesan penguatan dengan mengikat pewarna untuk menghasilkan DNA terkandas berganda. Taqman dijalankan menggunakan probe dua berlabel dan mengesan penguatan dengan degradasi probe oleh polimerase Taq dan keluaran fluorophore. Ini adalah perbezaan utama antara SYBR Green dan Taqman.
Kandungan
1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apa itu SYBR Green
3. Apa itu Taqman
4. Perbandingan sampingan - Sybr Green vs Taqman
5. Ringkasan
Apa itu SYBR Green?
SYBR Green adalah pewarna pendarfluor yang digunakan untuk mengotorkan asid nukleik, terutamanya DNA terkandas berganda dalam biologi molekul. Kaedah Hijau SYBR digunakan untuk mengukur produk PCR semasa PCR masa nyata. Sebaik sahaja ia mengikat dengan DNA, kompleks DNA-DYE yang dihasilkan menyerap cahaya biru dan memancarkan cahaya hijau yang sengit. Ia berlaku kerana perubahan struktur yang berlaku dalam molekul pewarna apabila mengikat dengan DNA dua stranded. Apabila PCR mencipta lebih banyak DNA, lebih banyak molekul pewarna mengikat dengan DNA, menghasilkan lebih banyak pendarfluor. Oleh itu, pendarfluor meningkat dengan pengumpulan produk PCR. Oleh itu, jumlah produk PCR boleh diukur secara kuantitatif oleh pengesanan pendarfluor hijau SYBR.
Pewarna hijau sybr juga boleh digunakan untuk pelabelan DNA dalam mikroskopi cytometry dan pendarfluor. Ethidium bromida telah berjaya digantikan oleh SYBR Green sejak etidium bromida adalah pewarna karsinogenik dengan masalah pelupusan semasa visualisasi DNA dalam elektroforesis gel.
Terdapat kelebihan dan kekurangan kaedah Green SYBR. Kaedah ini sangat sensitif, murah dan mudah digunakan. Walau bagaimanapun, disebabkan keupayaannya untuk mengikat mana-mana DNA berganda, pengikatan tidak spesifik boleh menyebabkan lebih banyak kuantifikasi produk PCR.
Rajah 01: Teknik Hijau SYBR
Apa itu Taqman?
Taqman adalah kaedah alternatif untuk SYBR Green untuk memantau proses PCR masa nyata. Kaedah ini bergantung pada aktiviti exonuclease 5 ' - 3' enzim polimerase Taq untuk merendahkan probe semasa pelanjutan helai baru dan pelepasan fluorophore. Probe berlabel dwi digunakan dalam kaedah ini dan berdasarkan hidrolisis probe. Probe dilabelkan oleh oligonukleotida DNA yang dilabelkan dengan molekul wartawan pendarfluor (fluorophore) pada akhir 5 'dan molekul quencher pada akhir 3'. Mereka direka untuk mengikat ke templat terkandas tunggal di seberang anneal primer. Polimerase Taq menambah nukleotida ke primer dan memanjangkan helai baru ke arah probe dua berlabel. Setelah polimerase Taq memenuhi probe, tindakan exonuclease polimerase Taq mengaktifkan dan merendahkan siasatan. Setelah melengkapkan sintesis helai baru, siasatan itu tertakluk kepada kemerosotan menyelesaikan dan melepaskan fluorophore. Pembebasan fluorophore menjana pendarfluor. Molekul Quencher Pendarfluor dengan cekap menghilangkan cahaya yang dipancarkan dan menghasilkan output untuk kuantifikasi produk PCR. Pelepasan fluorophores dan kuantiti produk PCR adalah berkadar. Oleh itu, kuantifikasi dapat dilakukan dengan mudah dengan kaedah Taqman.
Rajah 02: Kaedah Taqman
Kaedah Taqman digunakan dalam masa nyata PCR, kuantifikasi ekspresi gen, pengesanan polimorfisme genetik, kuantifikasi penghapusan DNA kromosom, pengenalan bakteria, pengesahan analisis microarray, genotip SNP dan lain -lain.
Apakah perbezaan antara SYBR Green dan Taqman?
Sybr Green vs Taqman | |
| SYBR Green didasarkan pada pewarna mengikat DNA. | Taqman bergantung kepada probe hibridisasi dan aktiviti exonuclease 5 'hingga 3' polimerase Taq. |
| Probe berlabel fluorescently | |
| Tiada probe berlabel fluorescently tidak diperlukan. | Probe berlabel dwi diperlukan. |
| Analisis gen multiplex | |
| Ia tidak boleh digunakan untuk sasaran gen multiplex. | Ia boleh digunakan untuk sasaran gen multiplex. |
| Kos | |
| Ini lebih murah. | Ini lebih mahal. |
| Kekhususan | |
| Ini kurang spesifik dan mengikat dengan DNA helai berganda | Ini sangat spesifik kerana probe mengesan produk penguatan khusus. |
| Keberkesanan | |
| Ini kurang berkesan. | Ini sangat berkesan. |
| Permohonan | |
| Ini digunakan dalam PCR masa nyata, visualisasi gel agarose, pelabelan DNA dll. | Ini digunakan dalam masa nyata PCR, kuantifikasi ekspresi gen, pengesanan polimorfisme genetik, dll. |
Ringkasan -Sybr Green dan Taqman
Taqman dan SYBR Green adalah dua kaedah yang digunakan dalam PCR masa nyata (PCR kuantitatif). Kedua -dua kaedah ini membolehkan kuantifikasi produk PCR dengan cekap dan bergantung kepada pelepasan pendarfluor. Kaedah Taqman menggunakan probe dua berlabel untuk mengesan DNA terkumpul manakala kaedah Green SYBR menggunakan pewarna neon. Kedua -dua kaedah ini juga mempunyai aplikasi yang berbeza dalam biologi molekul.
Rujukan:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour, dan Shaghayegh Haghjooy Javanmard. "Perbandingan kaedah SYBR Green dan Taqman dalam analisis tindak balas rantai polimerase masa nyata kuantitatif empat subtipe reseptor adenosin."Penyelidikan Bioperubatan Lanjutan. Mednow Publications & Media Pvt Ltd, 2014. Web. 13 Mac. 2017.
2. "Prinsip asas PCR masa nyata."PCR Masa Nyata, Kuantitatif (QPCR), Primers & Mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Web. 13 Mac. 2017.
3. "SYBR Green dan lain-lain pewarna PCR masa nyata."Biocompare. N.p., 05 Apr. 2010. Web. 14 Mac. 2017
Ihsan gambar:
1. "PCR dengan SYBR Green" oleh -ygonaar 23:09, 7 Mac 2006 (UTC) -Ia adalah graf yang dicipta oleh Ygonaar dengan Power Point, CC BY -SA 3.0, https: // commons.Wikimedia.org/w/indeks.php?curid = 619528
2. "Taqman" oleh Pengguna: BrainDamaged - Kerja Sendiri (Domain Awam) melalui Commons Wikimedia
