Perbezaan antara RT PCR dan qPCR

Perbezaan utama - RT PCR vs qPCR
 

Reaksi rantai polimerase adalah teknik yang digunakan untuk menguatkan kawasan tertentu DNA in vitro. Oleh kerana penciptaan teknik ini oleh Kary Mullis pada tahun 1983, saintis dapat membuat seribu hingga berjuta -juta salinan serpihan DNA tertentu untuk tujuan penyelidikan. Pada masa ini ia telah menjadi teknik yang biasa dan rutin dalam makmal klinikal dan penyelidikan untuk pelbagai aplikasi. Terdapat variasi teknik PCR tradisional seperti RT PCR, PCR bersarang, Multiplex PCR, Q PCR, RT - qPCR, dll. RT PCR dan Q PCR adalah dua variasi penting PCR. Perbezaan utama antara RT PCR dan Q PCR ialah RT PCR digunakan untuk mengesan ekspresi gen melalui penciptaanDNA pelengkap (cDNA) transkrip dari RNA manakala Q PCR digunakan untuk mengukur secara kuantitatif produk PCR masa nyata menggunakan pewarna pendarfluor.

Kandungan
1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apa itu RT PCR
3. Apa itu qPCR
4. Perbandingan sampingan - RT PCR vs qpcr
5. Ringkasan

Apa itu RT PCR?

Reaksi rantai polimerase transkripsi terbalik (RT PCR) adalah varian PCR yang digunakan untuk mengesan ungkapan RNA. Ini adalah kaedah yang sangat penting untuk mengesan ekspresi mRNA dalam tisu. RT PCR digunakan apabila bahan permulaan sampel adalah RNA. Di RT PCR, mRNA templat pertama ditukar menjadi DNA pelengkap. Langkah ini dipangkin oleh transkripase terbalik enzim dan prosesnya dikenali sebagai transkripsi terbalik. Kedua, PCR tradisional digunakan untuk cDNA yang baru disintesis untuk penguatan.

RT PCR adalah teknik yang sangat sensitif yang memerlukan sampel RNA yang agak kecil. RT PCR biasanya digunakan dalam diagnosis dan kuantifikasi spesies RNA, terutamanya virus RNA seperti virus immunodeficiency manusia dan virus hepatitis C.

Rajah 01: Teknik PCR RT

Apa itu qPCR?

PCR kuantitatif (qPCR) adalah varian PCR yang digunakan untuk mengukur secara kuantitatif produk PCR. Ia juga dirujuk sebagai tindak balas rantai polimerase masa nyata kerana ia mengukur penguatan masa nyata menggunakan mesin PCR masa nyata. Ini adalah kaedah yang sesuai untuk menentukan jumlah urutan sasaran atau gen yang ada dalam sampel. Ciri menarik qPCR ialah menggabungkan kedua -dua penguatan dan kuantifikasi yang benar ke dalam satu langkah. Oleh itu, keperluan untuk elektroforesis gel dalam pengesanan dapat dihapuskan oleh teknik qPCR. QPCR menggunakan pewarna pendarfluor untuk melabelkan produk PCR semasa tindak balas PCR yang akhirnya membawa kepada kuantifikasi langsung. Apabila produk PCR berkumpul, isyarat pendarfluor juga terkumpul dan ia akan diukur oleh mesin masa nyata. QPCR boleh digabungkan dengan RT PCR. Ia dikenali sebagai RT - qPCR atau qRT - PCR dan dianggap sebagai kaedah yang paling kuat, sensitif dan kuantitatif untuk mengesan tahap RNA dalam sel atau tisu.

Sybr Green dan Taqman adalah dua kaedah yang digunakan untuk mengesan atau menonton proses penguatan PCR masa nyata. Kaedah Hijau SYBR dijalankan menggunakan pewarna neon yang dipanggil SYBR Green dan mengesan penguatan dengan mengikat pewarna untuk menghasilkan DNA terkandas berganda. Taqman dijalankan menggunakan probe berlabel dwi dan mengesan penguatan dengan degradasi probe oleh polimerase Taq dan keluaran fluorofor seperti yang ditunjukkan dalam Rajah 02. Kedua -dua kaedah memantau kemajuan proses penguatan dan melaporkan kuantiti produk masa nyata.

PCR masa nyata mempunyai pelbagai aplikasi seperti kuantifikasi ekspresi gen, analisis RNA mikroRNA dan noncoding, genotip SNP, pengesanan variasi nombor salinan, pengesanan mutasi yang jarang berlaku, pengesanan organisma yang diubahsuai secara genetik, pengesanan agen berjangkit, dll dan lain -lain.

Rajah 02: Teknik PCR kuantitatif

Apakah perbezaan antara RT PCR dan qPCR?

Ringkasan - RT PCR vs qPCR

RT PCR dan qPCR adalah dua versi PCR tradisional. Teknik PCR RT dilakukan untuk sampel mRNA dan ia didorong oleh transkripsi terbalik dan pengeluaran cDNA. QPCR digunakan untuk mengukur produk PCR semasa kitaran terma PCR masa nyata menggunakan pewarna pendarfluor atau berlabel probe. Dalam qPCR, jumlah produk PCR diwakili oleh isyarat pendarfluor yang dipancarkan oleh sampel. RT PCR digunakan secara umum sebagai proses penguatan manakala qPCR biasanya digunakan sebagai proses kuantifikasi. Ini adalah perbezaan antara RT PCR dan qPCR.

Rujukan:
1. Deepak, SA, Kr Kottapalli, R. Rakwal, g. Oros, KS Rangappa, H. Iwahashi, y. Masuo, dan GK Agrawal. "PCR Masa Nyata: Menyelidiki Pengesanan dan Analisis Ekspresi Gen."Genomik Semasa. Bentham Science Publishers Ltd., Jun 2007. Web. 03 Apr. 2017
2. Zeka, Fjoralba, Katrien Vanderheyden, Els de Smet, Claude A. Cuvelier, Pieter Mestdagh, dan Jo Vandesompele. "Analisis ekspresi gen berasaskan RT-qPCR yang sensitif dan sensitif terhadap sampel FFPE."Berita Alam. Kumpulan Penerbitan Alam, 22 Feb. 2016. Web. 03 Apr. 2017
3. Overgh, l., A. Giulietti, d. Valckx, b. Decallonne, r. Bouillon, dan c. Mathieu. "Penggunaan PCR transkripase terbalik masa nyata untuk kuantifikasi ekspresi gen sitokin."Jurnal Teknik Biomolekul: JBT. Persatuan Kemudahan Sumber Biomolekul, MAR. 2003. Web. 03 Apr. 2017

Ihsan gambar:
1. "Taqman" oleh Pengguna: BrainDamaged- Kerja sendiri oleh pemuat naik asal (domain awam) melalui Commons Wikimedia
2. "Reaksi rantai polimerase transkripsi terbalik" oleh JPARK623 - Kerja sendiri (CC BY -SA 3.0) melalui Commons Wikimedia