Perbezaan antara letupan dan fasta

The Perbezaan utama antara letupan dan fasta ialah The Blast adalah alat penjajaran asas yang tersedia di laman web Maklumat Pusat Kebangsaan Pusat Bioteknologi manakala FASTA adalah alat pencarian persamaan yang terdapat di laman web Institut Bioinformatics Eropah.

Blast dan Fasta adalah dua perisian yang digunakan secara meluas untuk membandingkan urutan biologi DNA, asid amino, protein, dan nukleotida spesies yang berbeza dan mencari persamaan mereka. Algoritma ini ditulis dengan pantas. Kerana, ketika saintis dapat mengasingkan DNA di makmal pada pertengahan 1980-an, ia menimbulkan keperluan untuk membandingkan dan mencari gen yang sama untuk penyelidikan lanjut pada kelajuan tinggi. Oleh itu, kedua -dua perisian ini dibangunkan dengan cara pengguna dapat melakukan pencarian cepat urutan yang serupa dengan urutan pertanyaan mereka.

Ledakan adalah akronim untuk Alat carian penjajaran tempatan asas dan menggunakan pendekatan setempat dalam membandingkan dua urutan. Fasta adalah perisian yang merujuk kepada pantas di mana berada di tempat untuk semua. Di sini, perisian ini berfungsi dengan abjad seperti cepat A untuk penjujukan DNA dan p cepat untuk protein. Kedua -dua Blast dan Fasta sangat pantas dalam membandingkan mana -mana pangkalan data genom dan, oleh itu, sangat berdaya maju dan juga dalam menjimatkan masa.

Kandungan

1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apa itu letupan
3. Apa itu fasta
4. Persamaan antara letupan dan fasta
5. Perbandingan sampingan - letupan vs fasta dalam bentuk jadual
6. Ringkasan

Apa itu letupan?

Blast adalah salah satu perisian bioinformatik yang paling banyak digunakan yang dibangunkan pada tahun 1990.  Sejak itu, ia tersedia untuk semua orang di laman web NCBI. Selain itu, mana -mana orang boleh mengakses perisian ini dan menggunakannya. Selain itu, Blast adalah perisian yang memerlukan data input atau urutan dalam format fasta. Tetapi, ia memberikan data output dalam format teks biasa, html, atau xml. Blast berfungsi dengan prinsip mencari persamaan setempat antara dua urutan dan senarai pendek urutan yang sama, dan selepas itu, ia mencari persamaan kejiranan.

Rajah 01: Hasil letupan

Oleh itu, perisian ini mencari bilangan kawasan tempatan yang sama dan memberikan hasil untuk mencapai nilai ambang. Walau bagaimanapun, proses ini berbeza dari perisian terdahulu, yang mencari keseluruhan urutan terlebih dahulu dan kemudian perbandingan, dan oleh itu, mengambil banyak masa.

Selain pemeriksaan persamaan di atas, Blast mempunyai banyak kegunaan lain seperti pemetaan DNA, membandingkan dua gen yang sama dalam spesies yang berbeza, mewujudkan pokok filogenetik, dan lain -lain.

Apa itu fasta?

FASTA adalah perisian penjajaran urutan protein. David J. Lipman dan William R. Pearson menggambarkan perisian ini pada tahun 1985. Walaupun penggunaan awal perisian ini adalah untuk membandingkan urutan protein sahaja, versi yang diubah suai dapat membandingkan urutan DNA juga. Di sini, perisian ini menggunakan prinsip mencari persamaan antara dua urutan secara statistik. Ia sepadan dengan satu urutan DNA atau protein dengan urutan lain dengan kaedah penjajaran urutan tempatan.

Rajah 02: fasta

Walau bagaimanapun, ia mencari kawasan tempatan untuk persamaan, tetapi bukan perlawanan terbaik antara dua urutan. Oleh kerana perisian ini membandingkan persamaan setempat pada masa -masa, ia juga boleh membuat ketidakcocokan. Dalam urutan, fasta mengambil bahagian kecil yang dikenali sebagai k-tuple, di mana tupel boleh dari 1 hingga 6 dan sepadan dengan k-tuple dari urutan lain. Pada akhir proses yang sepadan, apabila ia mencapai nilai ambang, ia menghasilkan hasilnya.

Apakah persamaan antara Blast dan Fasta?

• Blast dan Fasta adalah alat bioinformatik yang digunakan untuk membandingkan urutan protein dan DNA untuk persamaan.
• Juga, kedua -dua program menggunakan strategi pemarkahan untuk membuat perbandingan antara urutan.
• Selain itu, kedua -dua alat menghasilkan hasil yang sangat tepat.

Apakah perbezaan antara letupan dan fasta?

Blast adalah alat untuk memeriksa persamaan antara urutan biologi. Sebaliknya, FASTA adalah satu lagi program yang memudahkan pemeriksaan persamaan protein dan urutan DNA. Walau bagaimanapun, berbanding dengan FASTA, perisian Blast sangat popular kerana ia menghasilkan hasil yang lebih tepat dan pantas. Oleh itu, ini adalah perbezaan antara Blast dan Fasta. Selain itu, tidak seperti FASTA, program letupan boleh diubah suai mengikut keperluan pengguna. Oleh itu, ini adalah satu lagi perbezaan antara Blast dan Fasta.

Infographic di bawah mengenai perbezaan antara Blast dan Fasta memberikan maklumat lanjut.

Ringkasan -Ledakan vs Fasta

Blast dan Fasta adalah dua program yang membolehkan pengguna membandingkan urutan pertanyaannya dengan urutan dalam pangkalan data yang ada dan periksa persamaan. Tujuan awal fasta adalah untuk membandingkan hanya urutan protein. Tetapi, versi diubahsuai perisian ini memudahkan perbandingan urutan protein dan DNA. Walaupun fasta adalah perisian yang baik, kebanyakan orang menggunakan alat penjajaran letupan kerana ia lebih popular dan menghasilkan hasil yang lebih tepat dan cepat daripada fasta. Juga, alat Blast boleh diubah suai mengikut keperluan pengguna. Ringkasnya, ini meringkaskan perbezaan antara Blast dan Fasta.

Rujukan:

1.Madden, Thomas. "Alat Analisis Urutan Blast."Laporan Neurologi dan Neurosains Semasa., U.S. Perpustakaan Perubatan Negara, 15 Mac. 2013. Terdapat di sini 

Ihsan gambar:

1."CCDC132 Hasil BLAST" oleh NCBI Blast - NCBI Blast, (domain awam) melalui Commons Wikimedia  
2."Rantau Promoter FAM149A (FASTA Format)" oleh Larsongcd - Kerja Sendiri, (CC BY -SA 3.0) melalui Commons Wikimedia