Perbezaan antara penjujukan nanopore dan illumina

The Perbezaan utama Antara penjujukan Nanopore dan Illumina adalah penjujukan nanopore adalah teknik penjujukan generasi ketiga yang menggunakan nanopore untuk mengesan urutan molekul DNA, sementara penjujukan Illumina adalah teknik penjujukan generasi kedua yang menggunakan teknologi terminator pewarna yang boleh diterbalikkan untuk mengesan urutan molekul DNA.

Penjujukan DNA adalah penentuan nukleotida yang tepat atau urutan asas molekul DNA. Terdapat banyak kaedah pesat untuk menentukan urutan asid nukleik yang mempercepat penemuan penyelidikan biologi dan perubatan. Salah satu teknik penjujukan DNA pertama (Sanger Sequencing) telah dibangunkan oleh Frederick Sanger pada tahun 1975 dengan mengadopsi strategi lanjutan primer di Pusat MRC, Cambridge, UK. Hari ini, majoriti teknik penjujukan DNA pesat tergolong dalam kategori penjujukan DNA generasi kedua dan generasi ketiga. Nanopore dan Illumina Sequencing adalah dua teknologi DNA baru seperti itu.

Kandungan

1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apakah penjujukan nanopore
3. Apa itu Illumina Sequencing
4. Persamaan - Penjujukan Nanopore dan Illumina
5. Nanopore vs Illumina Sequencing dalam bentuk jadual
6. Ringkasan - Nanopore vs Illumina Sequencing

Apakah penjujukan nanopore?

Sequencing Nanopore adalah teknik penjujukan generasi ketiga yang menggunakan nanopore protein untuk mengesan urutan asid nukleat molekul DNA. Dalam penjujukan nanopore, DNA melalui nanopore mengubah masa kini. Perubahan ini bergantung pada bentuk, saiz, dan panjang urutan DNA. Isyarat yang dihasilkan dikodkan untuk mendapatkan urutan DNA atau RNA tertentu. Kaedah ini tidak memerlukan nukleotida yang diubahsuai, dan ia berfungsi secara real-time.

Rajah 01: penjujukan nanopore

Oxford Nanopore Technologies adalah syarikat popular yang mengeluarkan banyak peranti penjujukan nanopore. Sebilangan besar peranti penjujukan nanopore Oxford mempunyai sel aliran. Sel aliran ini mempunyai sebilangan nanopores kecil yang tertanam dalam membran tahan elektro. Setiap nanopore sepadan dengan elektrodnya sendiri. Elektrod ini menghubungkan ke saluran dan cip sensor. Elektrod ini mengukur arus elektrik yang mengalir melalui nanopore. Apabila molekul melalui nanopore, perubahan semasa atau terganggu. Selain itu, gangguan ini menghasilkan squiggle ciri. Squiggle ini kemudiannya dimulakan untuk menentukan urutan DNA atau RNA dalam masa nyata.

Apa itu Illumina Sequencing?

Illumina Sequencing adalah teknik penjujukan generasi kedua yang menggunakan teknologi terminator pewarna terbalik untuk mengesan urutan molekul DNA. Syarikat Solexa, kini menjadi sebahagian daripada Illumina Company, ditubuhkan pada tahun 1998.  Syarikat ini mencipta kaedah penjujukan ini berdasarkan teknologi terminator pewarna terbalik dan polimerase kejuruteraan.

Rajah 02: Penjujukan Illumina

Dalam kaedah penjujukan Illumina, sampel pertama kali dipotong menjadi bahagian pendek.  Oleh itu, dalam penjujukan Illumina, bacaan atau serpihan pendek 100-150bp dicipta pada awalnya. Serpihan ini kemudiannya disambungkan ke penyesuai generik dan disiram ke slaid. PCR dilakukan untuk menguatkan setiap serpihan. Ini mewujudkan tempat dengan banyak salinan serpihan yang sama. Kemudian, mereka dipisahkan menjadi satu terkandas dan tertakluk kepada penjujukan.  Slaid penjujukan mengandungi nukleotida berlabel fluorescently, polimerase DNA, dan terminator. Kerana terminator, hanya satu pangkalan ditambah pada satu masa. Setiap terminator kitaran dikeluarkan, dan ia membolehkan penambahan pangkalan seterusnya ke laman web ini. Tambahan pula, berdasarkan isyarat pendarfluor, komputer mengesan asas yang ditambah dalam setiap kitaran. Teknologi penjujukan Illumina membina urutan dalam masa 4 hingga 56 jam.

Apakah persamaan antara penjujukan Nanopore dan Illumina?

• Penjujukan Nanopore dan Illumina adalah dua teknik penjujukan.
• Kedua -duanya adalah kaedah penjujukan yang cepat dan baru.
• Mereka digunakan untuk mengesan urutan DNA dan RNA.
• Kedua -duanya mempunyai ketepatan yang tinggi.

Apakah perbezaan antara penjujukan nanopore dan illumina?

Sequencing Nanopore adalah teknik penjujukan generasi ketiga yang menggunakan nanopore untuk mengesan urutan molekul DNA. Sebaliknya, penjujukan Illumina adalah teknik penjujukan generasi kedua yang menggunakan teknologi terminator pewarna terbalik untuk mengesan urutan molekul DNA. o, ini adalah perbezaan utama antara penjujukan nanopore dan illumina. Selain itu, penjujukan nanopore mempunyai ketepatan 92-97%, sementara penjujukan Illumina mempunyai ketepatan 99%.

Infographic berikut menyenaraikan perbezaan antara penjujukan nanopore dan Illumina dalam bentuk jadual.

Ringkasan -Nanopore vs Illumina Sequencing

Teknik penjujukan tinggi termasuk kaedah penjujukan generasi (pendek dibaca) dan generasi ketiga (panjang). Nanopore dan Illumina Sequencing adalah dua teknologi DNA baru yang tergolong dalam kategori penjujukan DNA generasi ketiga dan generasi kedua). Sequencing Nanopore menggunakan nanopore untuk mengesan urutan molekul DNA. Sebaliknya, penjujukan Illumina menggunakan teknologi terminator pewarna terbalik untuk mengesan urutan molekul DNA. Oleh itu, ini adalah ringkasan perbezaan antara penjujukan Nanopore dan Illumina.

Rujukan:

1. "Penjujukan DNA."Oxford Nanopore Technologies.
2. "Illumina Dye Sequencing."Gambaran Keseluruhan | Topik Sciencedirect.

Ihsan gambar:

1. "Oxford Nanopore Minion Flow Cell Back" oleh Cirosantilli2 - Kerja Sendiri (CC BY -SA 4.0) melalui Commons Wikimedia
2. "Illumina Miseq Sequencer" oleh Konrad Förstner - Kerja Sendiri (CC0) melalui Commons Wikimedia