Perbezaan antara penjujukan exome dan RNA

Perbezaan Utama - Exome vs RNA Sequencing
 

Penjujukan asid nukleik adalah teknik yang menentukan susunan nukleotida dalam serpihan tertentu DNA atau RNA organisma. Urutan adalah penting dalam mengenal pasti solek DNA dan RNA sel dan membezakan gen tertentu yang kod untuk protein berfungsi; Oleh itu, penjujukan boleh digunakan untuk memahami mutasi gen dan ekspresi gen ini. Kaedah penjujukan sanger atau kaedah penjujukan generasi akan datang yang lebih maju adalah kaedah penjujukan yang biasanya digunakan. Exome Sequencing adalah penjujukan set lengkap exon atau kawasan DNA pengekodan yang terdapat dalam organisma manakala penjujukan RNA adalah prosedur penjujukan asid ribonukleik (RNA). Ini adalah perbezaan utama antara penjujukan exome dan RNA.

Kandungan

1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apakah penjujukan exome
3. Apakah penjujukan RNA
4. Persamaan antara penjujukan exome dan RNA
5. Perbandingan sampingan - Exome vs penjujukan RNA dalam bentuk jadual
6. Ringkasan

Apakah penjujukan exome?

Exome adalah subset genom yang terdiri daripada gen pengekodan organisma tertentu. Gen pengekodan dinamakan sebagai exon dan disalin ke dalam mRNA dan kemudian diterjemahkan ke dalam urutan asid amino. Semasa pengubahsuaian transkrip pasca, mekanisme splicing RNA dalam eukariota membuang intron (kawasan bukan pengekodan), dan exon tetap. Terdapat dua teknik utama di mana penjujukan exome dilakukan: penyelesaian berasaskan dan berasaskan array.

Dalam penjujukan exome berasaskan penyelesaian, sampel DNA dipecahkan menggunakan enzim sekatan atau kaedah mekanikal dan denatured oleh haba. Dalam teknik ini, probe oligonukleotida biotinilasi (umpan) digunakan untuk selektif hibrida dengan kawasan sasaran dalam genom. Manik streptavidin magnetik digunakan untuk langkah mengikat. Mengikat diikuti dengan langkah mencuci di mana urutan yang tidak terkawal dan tidak disasarkan dibasuh. Sasaran terikat kemudian dikuatkan menggunakan tindak balas rantai polimerase (PCR) dan kemudian disusun menggunakan penjujukan sanger atau teknik penjujukan generasi seterusnya.

Rajah 01: penjujukan exome

Kaedah berasaskan array juga sama dengan kaedah berasaskan penyelesaian, kecuali serpihan DNA ditangkap menjadi array mikro, dan kemudian langkah -langkah yang mengikat dan mencuci diikuti sebelum disusun.

Penjujukan exome digunakan dalam banyak aplikasi seperti diagnosis genetik penyakit, dalam terapi gen, dalam mengenal pasti penanda genetik novel, dalam bidang pertanian untuk mengenal pasti pelbagai ciri agronomi yang bermanfaat dan prosedur pembiakan tumbuhan.

Apakah penjujukan RNA?

Penjujukan RNA didasarkan pada transkrip, yang merupakan transkrip lengkap sel. Matlamat utama penjujukan RNA adalah untuk mengkatalogkan semua spesies transkrip, termasuk mRNA, RNA bukan pengekodan, dan RNA kecil, untuk menentukan struktur transkrip gen dan untuk mengukur tahap ekspresi setiap transkrip semasa pembangunan. Semasa penjujukan RNA, teknologi hibridisasi (yang merupakan DNA pelengkap yang diperolehi daripada urutan mRNA yang matang) pada mulanya digunakan untuk penjujukan. Pada masa ini, teknik yang lebih tepat dan lanjutan digunakan untuk penjujukan RNA.

Rajah 02: penjujukan RNA

Dalam penjujukan RNA, sampel RNA yang boleh jumlah RNA atau RNA yang dikecilkan ditukar kepada DNA pelengkapnya (cDNA) menggunakan transkripsi terbalik, dan perpustakaan cDNA disediakan. Setiap serpihan cDNA dilampirkan pada penyesuai di kedua -dua belah pihak (penjujukan akhir pasangan) atau di satu sisi (penjujukan akhir tunggal). Urutan yang ditandakan ini disusun menggunakan penjujukan sanger atau generasi seterusnya, seperti penjujukan exome.

Apakah persamaan antara penjujukan exome dan RNA?

• Serpihan terpilih pendek atau keseluruhan set DNA / RNA boleh digunakan untuk penjujukan exome atau RNA.
• Serpihan yang disusun dipelihara di perpustakaan.
• Penjujukan sanger atau penjujukan generasi akan datang boleh digunakan.
• Kedua -duanya adalah kaedah penjujukan in vitro.
• Serpihan yang disusun dapat ditentukan oleh tag pendarfluor.

Apakah perbezaan antara penjujukan exome dan RNA?

Ringkasan -Exome vs RNA Sequencing

Exome adalah set lengkap kawasan pengekodan organisma dan teknik yang terlibat dalam penentuan urutan nukleotida tepat exome dikenali sebagai penjujukan exome. Penjujukan RNA adalah teknik yang terlibat dalam penentuan urutan nukleotida RNA organisma. Ini adalah perbezaan antara penjujukan exome dan RNA.

Muat turun versi PDF Exome vs RNA Sequencing

Anda boleh memuat turun versi PDF artikel ini dan menggunakannya untuk tujuan luar talian mengikut nota petikan. Sila muat turun versi PDF di sini perbezaan antara penjujukan exome dan RNA

Rujukan:

1.Wang, Zhong, et al. "RNA-seq: Alat revolusioner untuk transkripsi."Ulasan Alam. Genetik, u.S. Perpustakaan Perubatan Negara, Jan. 2009, boleh didapati di sini. Diakses 3 Sept. 2017.
2.Warr, Amanda, et al. "Exome Sequencing: Perspektif Semasa dan Masa Depan."G3: Gen | Genom | Genetik, Persatuan Genetik Amerika, Aug. 2015, boleh didapati di sini. Diakses 3 Sept. 2017.

Ihsan gambar:

1. "Exome Sequencing Workflow 1a" oleh Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, obi l. Griffith - (CC oleh 2.5) Melalui Wikimedia Commons
2. "Jurnal.PCBI.1004393.G002 "oleh Sarahkusala - Kerja Sendiri (CC oleh 3.0) melalui Commons Wikimedia