Perbezaan antara contig dan perancah

The Perbezaan utama antara contig dan perancah ialah Contig tidak mempunyai jurang sementara perancah terdiri daripada contigs dan jurang.

Penjujukan genom organisma multiselular sangat sukar berbanding dengan penjujukan organisma uniselular. Penjujukan senapang patah genom keseluruhan adalah teknik penjujukan genom yang mudah dan cepat untuk genom multiselular. Ia adalah kaedah yang mengutip banyak serpihan DNA yang bertindih selari. Dalam kaedah ini, serpihan kecil dipasang menjadi serpihan yang lebih besar dan kemudian menjadi contigs yang lebih besar menggunakan komputer. Kemudian contigs dipasang ke perancah dan akhirnya menjadi kromosom. Oleh itu, Contig adalah urutan nukleotida yang berterusan manakala perancah adalah sebahagian daripada genom yang terdiri daripada contigs dan jurang. Kedua -dua contig dan perancah adalah urutan genomik yang dibina semula.

Kandungan

1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apa itu Contig 
3. Apa itu perancah
4. Persamaan antara contig dan perancah
5. Perbandingan sampingan - Contig vs perancah dalam bentuk jadual
6. Ringkasan

Apa itu Contig?

Contig adalah urutan genomik. Ia adalah urutan yang berterusan yang terdiri daripada pangkalan A, C, G dan T. Ia dibentuk dengan menyusun beberapa bit tumpang tindih sedikit DNA menjadi urutan yang lebih lama. Dengan kata -kata yang mudah, Contig adalah pemasangan satu set serpihan urutan. Penciptaan Contig melibatkan pengenalpastian serpihan urutan bertindih berdasarkan kaedah pemadanan rentetan dan penjajaran rentetan tempatan yang mengenal pasti hujung tumpang tindih urutan.

Contigs tidak mempunyai jurang. Ia adalah sebahagian daripada perancah. Contigs dirantai bersama ketika membuat perancah. Ia memerlukan maklumat tambahan mengenai kedudukan relatif dan orientasi contigs dalam genom. Jurang memisahkan contigs dalam perancah. Pada asasnya, perhimpunan contig adalah langkah penting dalam penjujukan senapang keseluruhan genom. Contigs dipasang akhirnya menjadi urutan genomik yang lengkap. Perhimpunan Contig biasanya memerlukan pemahaman algoritma dalam pemadanan rentetan dan penjajaran urutan.

Apa itu perancah?

Perancah adalah urutan genomik yang dibina semula dari klon senapang patah seluruh genom. Secara struktural, perancah terdiri daripada contigs dan jurang. Oleh itu, perancah dicipta dengan mengikat contigs bersama -sama dan memisahkannya dengan jurang. Penciptaan perancah memerlukan maklumat mengenai kedudukan dan orientasi relatif contigs dalam genom. Perhimpunan senapang patah genom bertujuan mewakili setiap urutan genomik dalam satu perancah. Tetapi, tidak mungkin. Oleh itu, satu kromosom boleh diwakili oleh beberapa perancah. Kadang -kadang perancah dapat bertindih. Selain itu, beberapa perancah boleh ditapis semasa perhimpunan.

Rajah 02: Gambaran keseluruhan pemasangan senapang patah genom

Panjang jurang perancah tidak menunjukkan panjang sebenar. Umumnya, jurang sewenang -wenangnya ditetapkan ke panjang tetap tertentu. Oleh itu, jurang dan ketidakpastian ini dalam panjangnya menimbulkan masalah dalam memahami hubungan spatial sebenar unsur -unsur fungsional dalam genom dan tahap sebenar maklumat yang hilang. Kadang -kadang jurang mewakili maklumat genomik yang hilang.

Apakah persamaan antara contig dan perancah?

• Contig dan perancah adalah urutan genomik yang terdiri daripada urutan nukleotida.
• Perancah terdiri daripada contigs dan jurang.

Apakah perbezaan antara contig dan perancah?

Contig adalah urutan berterusan yang dipasang dari satu set serpihan urutan. Sebaliknya, perancah adalah sebahagian daripada urutan genomik yang dibina semula oleh contigs chaining bersama. Jadi, ini adalah perbezaan utama antara contig dan perancah. Selain itu, contigs tidak mempunyai jurang manakala contigs dalam perancah dipisahkan oleh jurang.

Di bawah infographic tabulates lebih banyak perbezaan antara contig dan perancah.

Ringkasan -Contig vs Perancah

Kedua-dua contig dan perancah dibina semula urutan nukleotida dalam projek penjujukan keseluruhan genom. Contig adalah urutan genomik yang berterusan yang mengandungi pangkalan A, C, G dan T tanpa jurang. Perancah adalah urutan genomik terdiri daripada contigs dan jurang. Oleh itu, komponen pemasangan terpendek adalah contigs manakala perancah adalah perhimpunan contigs. Akhirnya, perancah dipasang ke dalam kromosom dalam penjujukan keseluruhan genom. Oleh itu, ini meringkaskan perbezaan antara contig dan perancah.

Rujukan:

1. Adams, jill awak. "Genom kompleks: penjujukan senapang patah."Pendidikan Scable, Alam, 2008, boleh didapati di sini.

Ihsan gambar:

1. "Perancah Pet Contig" oleh Bupati Universiti California - (Domain Awam) melalui Commons Wikimedia
2. "Gambaran Keseluruhan Perhimpunan WGS Denovo" oleh Bernardojclavijo - Kerja Sendiri (CC BY -SA 3.0) melalui Commons Wikimedia