Apakah perbezaan antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix

The Perbezaan utama antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix Adakah helix-loop-helix mengantara dimerisasi protein manakala helix-turn-helix mengawal ekspresi gen melalui pengikatan DNA.

Motif protein adalah urutan pendek yang berkaitan dengan fungsi DNA yang berbeza. Ia terutamanya dikaitkan dengan tapak struktur khas dengan fungsi kimia atau biologi yang unik. Motif ini mengandungi kawasan kecil struktur tiga dimensi asid amino dengan molekul protein yang berbeza. Biasanya, motif individu hanya mengandungi beberapa elemen. Helix-loop-helix dan helix-turn-helix mengandungi tiga elemen. Motif struktur protein mereka termasuk gelung dengan pelbagai panjang dan struktur yang tidak ditentukan.

Kandungan

1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apa itu helix-loop-helix 
3. Apa itu Helix-Turn-Helix
4. Persamaan-helix-loop-helix dan helix-turn-helix
5. Helix-loop-helix vs helix-turn-helix dalam bentuk jadual
6. Ringkasan-helix-loop-helix vs helix-turn-helix

Apa itu helix-loop-helix?

Helix-loop-helix (HLH) adalah motif struktur protein yang mentakrifkan salah satu keluarga terbesar dimerizing faktor transkripsi. Faktor transkripsi ini mengandungi sisa asid amino untuk memudahkan mekanisme mengikat DNA, dan mereka dimerik. Motif struktur protein mengandungi dua α-helices, dan mereka dihubungkan dengan gelung. Satu helix kelihatan lebih kecil dari dua helai, dan fleksibiliti gelung membolehkan dimerisasi dengan pembungkusan dan lipatan terhadap helix yang lain. Helix yang kelihatan lebih besar biasanya mengandungi kawasan mengikat DNA. Protein HLH mengikat urutan konsensus yang dikenali sebagai e-box. Urutan konsensus adalah urutan yang dikira yang mengandungi nukleotida atau residu asid amino. E-Box adalah elemen yang bertindak balas terhadap DNA dalam beberapa eukariota yang bertindak sebagai tapak pengikat protein dan mengawal ekspresi gen.

Rajah 01: Motif Helix-Loop-Helix

Faktor transkripsi HLH adalah penting untuk pembangunan dan aktiviti sel. Protein HLH terutamanya tergolong dalam enam kumpulan, yang ditunjukkan dari huruf a hingga f. Faktor transkripsi yang termasuk dalam setiap kumpulan adalah:

Kumpulan A: MyoD, Myf5, Beta2/Neurod1, SCL, P-CAMK, Neurod, dan Neurogenin,

Kumpulan B: Max, C-Myc, N-Myc, dan TCF4

Kumpulan C: AHR, BMAL-1-Clock, HIF, NPAS1, NPAS3, dan MOP5

Kumpulan D; EMC

Kumpulan E: Hey1 dan Hey2

Kumpulan F: EBF1

Oleh kerana kebanyakan faktor transkripsi HLH adalah heterodimerik, dimerisasi sering mengawalnya.

Apa itu Helix-Turn-Helix?

Helix-turn-helix (hth) adalah motif struktur protein yang mampu mengikat DNA. Setiap monomer dianjurkan dengan dua α-heli dan disertai oleh helai asid amino pendek. Ini mengikat alur di helix DNA. Motif HTH biasanya mengawal ekspresi gen. Pengiktirafan HTH dan mengikat DNA dijalankan oleh dua α-heliks. Satu helix menduduki akhir N-terminal manakala yang lain berada di C-terminus. Dalam kebanyakan senario, helix menjalankan pengiktirafan DNA. Oleh itu, ia dikenali sebagai helix pengiktirafan. Mengikat alur dalam DNA berlaku melalui satu siri interaksi van der Waals dan ikatan hidrogen dengan pangkalan terdedah. Α-helix yang lain menstabilkan interaksi protein dan DNA dan tidak memainkan peranan utama dalam pengiktirafan. Walau bagaimanapun, helix pengiktirafan dan selebihnya helix mempunyai orientasi yang sama.

Rajah 02: Helix-turn-helix keluarga Tetr

HTH diklasifikasikan mengikut struktur dan pengaturan ruang helai. Jenis utama adalah di-Helical, Tri-Helical, Tetra-Helical, dan Winged HTH. Jenis di-helical adalah jenis yang paling mudah dengan dua helai dan domain protein lipat bebas. Jenis Tri-Helical terdapat dalam pengaktif transkripsi MYB. Jenis Tetra-Helical mempunyai helix C-terminal tambahan. Akhir.

Apakah persamaan antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix?

• Helix-loop-helix dan helix-turn-helix adalah motif struktur protein.
• Kedua -duanya mengandungi penyebut biasa dalam faktor transkripsi basal dan spesifik.
• Mereka hadir di eukariota.

Apakah perbezaan antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix?

Helix-loop-helix mengantara dimerisasi protein, sedangkan helix-turn-helix mengawal ekspresi gen melalui pengikatan DNA. Oleh itu, ini adalah perbezaan utama antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix. Di samping. Lebih-lebih lagi, helix-loop-helix terutamanya terdiri daripada heliks alfa yang disertai dengan gelung, sementara helix-turn-helix terutamanya terdiri daripada gelung yang disertai oleh pendirian asid amino pendek yang membentuk alur.

Infographic di bawah membentangkan perbezaan antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix dalam bentuk tabular untuk perbandingan sampingan.

Ringkasan-helix-loop-helix vs helix-turn-helix

Motif protein adalah urutan pendek yang berkaitan dengan fungsi DNA yang berbeza. Helix-loop-helix dan helix-turn-helix adalah dua jenis motif struktur protein. Perbezaan utama antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix adalah bahawa helix-loop-helix mengantara dimerisasi protein, sedangkan helix-turn-helix mengawal ekspresi gen melalui pengikatan DNA. HLH adalah motif struktur protein yang mentakrifkan salah satu keluarga terbesar dimerizing faktor transkripsi. Motif struktur protein mengandungi dua α-helices, dan mereka dihubungkan dengan gelung. HTH adalah motif struktur protein yang mampu mengikat DNA. Setiap monomer dianjurkan dengan dua α-heli, dan disertai oleh helai asid amino pendek dan mengikat alur di helix DNA. Jadi, ini meringkaskan perbezaan antara helix-loop-helix dan helix-turn-helix.

Rujukan:

1. "Asas helix-loop-helix."Gambaran Keseluruhan | Topik Sciencedirect.
2. "Helix-turn-Helix."Gambaran Keseluruhan | Topik Sciencedirect.

Ihsan gambar:

1. "Basic Helix Loop Helix" oleh I, Splette (CC BY-SA 3.0) melalui Commons Wikimedia
2. "Penjajaran HTH 3 ahli keluarga Tetr" oleh Gabbiochem - Menggunakan Pymol berdasarkan PDB: 5DY0 yang disimpan oleh Palanca & Rubio, PDB: 3VIB yang disimpan oleh Kumaraswami, Shafer, "Brennan, dan PDB: 3ZQL yang disimpan oleh LE, Schumacher, Lawson, "; Buttner (CC oleh 3.0) melalui Commons Wikimedia