Perbezaan antara persamaan dan identiti dalam penjajaran urutan

The Perbezaan utama antara persamaan dan identiti dalam penjajaran urutan ialah Persamaan adalah rupa (persamaan) antara dua urutan dalam perbandingan manakala identiti adalah bilangan watak yang sepadan dengan tepat antara dua urutan yang berbeza.

Bioinformatik adalah bidang sains disiplin yang melibatkan biologi dan genetik molekul, sains komputer, matematik, dan statistik. Penjajaran urutan adalah istilah utama dalam bioinformatik. Ini adalah prosedur di mana urutan DNA, RNA atau protein diatur untuk mengenal pasti kawasan persamaan yang merupakan akibat hubungan fungsional, struktur atau evolusi antara urutan. Pada akhir penjajaran, mereka akan dibentangkan sebagai baris dalam matriks. Untuk menyelaraskan watak -watak yang sama dalam coloums berturut -turut, jurang yang dimasukkan hadir di antara sisa -sisa.

Kandungan

1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apa persamaan dalam penjajaran urutan
3. Apakah identiti dalam penjajaran urutan
4. Persamaan antara persamaan dan identiti dalam penjajaran urutan
5. Perbandingan sampingan - persamaan vs identiti dalam penjajaran urutan dalam bentuk jadual
6. Ringkasan

Apa itu persamaan?

Persamaan dalam penjajaran urutan adalah persamaan antara dua urutan apabila dibandingkan. Fakta ini bergantung kepada identiti urutan. Persamaan menggambarkan sejauh mana sisa -sisa diselaraskan. Oleh itu, urutan yang serupa mengandungi sifat serupa. Dalam bioinformatik, persamaan adalah alat untuk menilai rupa antara dua protein.

Rajah 01: Persamaan dalam penjajaran urutan

Terdapat dua langkah utama untuk proses penjajaran urutan. Langkah awal adalah penjajaran pasangan yang bijak, yang membantu mencari penjajaran optimum antara dua urutan (termasuk jurang) menggunakan algoritma seperti Blast, Fasta, dan Lalign. Algoritma yang sepadan mendapati bilangan minimum operasi edit; In-DELS dan Substitusi untuk menyelaraskan satu urutan ke urutan lain. Selepas penjajaran pasangan, perlu mendapatkan dua parameter kuantitatif dari setiap perbandingan pasangan. Mereka adalah identiti dan persamaan.

Apa itu identiti?

Identiti dalam penjajaran urutan adalah bilangan aksara yang sepadan dengan tepat antara dua urutan yang berbeza. Oleh itu, jurang tidak dikira ketika menilai identiti. Pengukuran dianggap sebagai hubungan dengan urutan yang lebih pendek di antara dua urutan. Ia ketara menunjukkan bahawa ia mempunyai kesan di mana identiti urutan tidak transitif. Jika x = y dan y = z, maka x tidak semestinya sama dengan z. Ini disimpulkan dari segi ukuran jarak identiti.

Rajah 02: Identiti dalam penjajaran urutan

Sebagai contoh, x mempunyai urutan AAGGCTT, Y mempunyai urutan AAGGC dan Z mempunyai urutan AAGGCAT. Identiti antara x dan y ialah 100% 5 nukleotida identik / min [panjang (x), panjang (y)]. Identiti antara y dan z juga 100%. Tetapi identiti antara x dan z hanya 85% (6 nukleotida identik / 7).

Apakah persamaan antara persamaan dan identiti dalam penjajaran urutan?

• Kedua -dua persamaan dan identiti adalah dua istilah yang kami gunakan dalam penjajaran urutan.
• Juga, mereka merujuk kepada persamaan antara kedua -dua urutan.
• Selain itu, kami menyatakannya sebagai nilai peratusan.

Apakah perbezaan antara persamaan dan identiti dalam penjajaran urutan?

Persamaan dalam penjajaran memberitahu persamaan antara dua urutan apabila dibandingkan sementara identiti dalam penjajaran urutan memberitahu jumlah aksara yang sepadan dengan tepat antara dua urutan yang berbeza. Oleh itu, ini adalah perbezaan utama antara persamaan dan identiti dalam penjajaran urutan.

Ringkasan -Persamaan vs Identiti dalam penjajaran urutan

Penjajaran urutan membantu mengenal pasti kawasan persamaan dalam DNA, RNA atau protein yang dihasilkan kerana hubungan fungsional, struktur atau evolusi antara urutan. Oleh itu, persamaan dan identiti adalah dua istilah utama dalam konteks penjajaran urutan. Perbezaan utama antara kedua -dua istilah ini ialah persamaan adalah persamaan antara dua urutan dalam perbandingan sementara identiti adalah bilangan aksara yang sepadan dengan tepat antara dua urutan yang berbeza. Oleh itu, ini adalah ringkasan perbezaan antara persamaan dan identiti dalam penjajaran urutan.

Rujukan:

1. "Identiti dan persamaan - ukuran kuantitatif."Identiti dan Persamaan - ukuran kuantitatif, tersedia di sini.
2. "Penjajaran urutan."Penjajaran urutan - bioinformatik.Org wiki, boleh didapati di sini.

Ihsan gambar:

1. "Penjajaran berasaskan dan penjajaran tanpa penjajaran" oleh Kolekar Pandurang - Kerja Sendiri (CC oleh 3.0) melalui Commons Wikimedia
2. "Output Sampel BLAST" oleh Fdardel - Kerja Sendiri (CC BY -SA 3.0) melalui Commons Wikimedia