Perbezaan antara QTL dan GWAS

The Perbezaan utama Antara QTL dan GWAS bergantung pada jenis urutan yang digunakan dalam analisis. QTL menggunakan loci gen hubungan untuk menganalisis ciri -ciri fenotip yang dikaitkan dengan warisan polygenic manakala GWAS menggunakan urutan genom keseluruhan untuk menganalisis polimorfisme nukleotida tunggal dari keadaan tertentu.

Peta QTL dan GWAS memainkan peranan penting dalam analisis genetik untuk ciri -ciri yang berbeza. Tambahan pula, mereka penting dalam menganalisis pelbagai keadaan penyakit dengan etiologi yang tidak diketahui. Di samping itu, penjujukan memainkan peranan penting dalam kedua -dua teknik. Teknik -teknik ini dapat ditambah lagi dengan teknik throughput yang tinggi untuk peningkatan ketepatan dan ketepatan.

Kandungan

1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apa itu QTL 
3. Apa itu GWAS
4. Persamaan antara QTL dan GWAS
5. Perbandingan sampingan - QTL vs GWAS dalam bentuk jadual
6. Ringkasan

Apa itu QTL?

QTL bermaksud Lokus sifat kuantitatif. Ia adalah kawasan DNA yang dikaitkan dengan sifat fenotip. Umumnya, QTL menimbulkan kesan polygenic. Pengagihan QTLs berbeza -beza, dan bilangan QTL menunjukkan tahap variasi sifat fenotip tertentu. Selain itu, mereka biasanya kod untuk mendasari ciri -ciri berterusan dan bukan ciri -ciri diskret.

Setelah mengenal pasti kawasan QTL, penting untuk menyusun kawasan QTL tertentu. Selain itu, untuk membuat siasatan dan penyelidikan mudah, penjujukan dan menyimpan data urutan kawasan QTL biasa berlaku dengan penglibatan bioinformatik. Kami memanggil teknik ini pemetaan QTL. Seterusnya, pangkalan data membina urutan rantau QTL.

Rajah 01: imbasan QTL

Selain itu, aplikasi urutan QTL bergantung terutamanya pada alat Blast, di mana persamaan urutan dapat ditentukan. Penting dalam mengurangkan hubungan antara organisma. Tambahan pula, penting dalam menentukan kerumitan fenotip polygenic tertentu. Ia juga menentukan evolusi sifat tertentu.

Pada masa ini, analisis QTL digabungkan dengan teknik throughput yang tinggi seperti microarrays DNA. Ini penting dalam analisis ekspresi fenotip. Pada masa ini, saintis sangat berminat untuk membangunkan pangkalan data QTL kerana kawasan QTL bertanggungjawab untuk banyak ciri penting spesies yang berbeza.

Apa itu GWAS?

GWAS bermaksud Kajian Persatuan Wide Genome. Ia juga merujuk kepada kajian persatuan genom keseluruhan. Kajian -kajian ini memberi tumpuan terutamanya kepada kajian pemerhatian. Ia menganalisis varian genetik individu yang berbeza biasanya dikaitkan dengan sifat tertentu. Selain itu, keseluruhan genom penting untuk analisis GWAS.

Rajah 02: GWAS

GWAS adalah alat penting dalam analisis polimorfisme nukleotida tunggal yang dikaitkan dengan pelbagai keadaan penyakit. Ini juga merupakan kajian perbandingan polimorfisme nukleotida tunggal yang berbeza di seluruh populasi yang luas. Di samping itu, sampel kajian GWAS sangat tinggi; Oleh itu, ia juga mengambil format kajian kohort rentas.

Selain itu, kajian GWAS pertama berlaku berkaitan dengan infarksi miokardium dan menganalisis gen yang berkaitan dengan infark miokardium. Pada masa ini, GWAS memainkan peranan penting dalam menentukan latar belakang genetik penyakit kompleks dengan etiologi yang tidak diketahui.

Apakah persamaan antara QTL dan GWAS?

• Mereka bergantung pada data urutan DNA untuk analisis.
• Kedua -duanya dikaitkan dengan latar belakang genetik pelbagai watak.
• Selain itu, mereka memerlukan alat bioinformatik untuk menyimpulkan dan mentafsir hasil.
• Mereka selesai pada populasi yang besar.

Apakah perbezaan antara QTL dan GWAS?

QTL menganalisis ciri -ciri fenotip yang dikaitkan dengan warisan polygenic menggunakan loci gen yang dipautkan manakala GWAS menganalisis polimorfisme nukleotida tunggal keadaan tertentu menggunakan urutan genom keseluruhan. Oleh itu, ini adalah perbezaan utama antara QTL dan GWAS. Pemetaan QTL adalah teknik yang kurang kompleks daripada GWA kerana ia memerlukan penjujukan genom keseluruhan.

Infographic di bawah meringkaskan perbezaan antara QTL dan GWAS dalam bentuk jadual.

Ringkasan -QTL vs GWAS

Pemetaan QTL dan GWAS memainkan peranan utama dalam menentukan latar belakang genetik pelbagai ciri fenotip. Mereka juga membantu dalam menganalisis latar belakang genetik penyakit yang berbeza. Pemetaan QTL memetakan gen hubungan yang bertanggungjawab untuk ciri -ciri berterusan, dan juga melibatkan pemetaan gen warisan polygenic. GWAS, sebaliknya, berlaku dengan analisis genom keseluruhan untuk polimorfisme nukleotida tunggal. Di samping itu, ini berlaku di seluruh penduduk yang lebih besar. Oleh itu, ini adalah ringkasan perbezaan antara QTL dan GWAS.

Rujukan:

1. Liu, Ruixian, et al. "Analisis GWAS dan Pengenalpastian QTL Ciri-ciri Kualiti Serat dan Komponen Hasil di Kapas Upland Menggunakan Penanda SNP Ketumpatan Tinggi Dikenali."Frontiers in Plant Science, Frontiers Media S.A., 13 Sept. 2018, boleh didapati di sini.
2. "Gwas vs. Pemetaan QTL?"Catatan terkini, boleh didapati di sini.

Ihsan gambar:

1. "Contoh QTL-scan genom dari PLOS Biology" oleh-Styrkarsdottir U, Cazier JB, Kong A, Rolfsson O, Larsen H, et al. (2003) Hubungan osteoporosis ke kromosom 20p12 dan persatuan kepada bmp2. PLOS Biol 1 (3): E69 (CC oleh 2.5) Melalui Wikimedia Commons
2. "Kesan Alel Penyakit GWAS" oleh Bush WS dan Moore JH - Bush WS, Moore JH (2012) Bab 11: Kajian Persatuan Genome -Wide. PLOS Comput Biol 8 (12): E1002822. doi: 10.1371/Jurnal.PCBI.1002822, (CC oleh 2.5) Melalui Wikimedia Commons