Perbezaan antara transposase bakteria dan integrasi retroviral

Perbezaan utama - bakteria Transposase vs integrase retroviral
 

Bahan genetik yang boleh diangkut telah berkembang dengan dua strategi utama untuk bergerak dari satu rantau ke rantau seterusnya di dalam dan di antara genom. Satu kaedah adalah untuk menggantikan molekul RNA sebelum pembentukan molekul DNA sementara laluan lain melibatkan perantaraan DNA. Transposase dan integrasi virus adalah contoh bahan genetik transposable tersebut. Transposase bakteria mengikat ke akhir transposon dan memudahkan pemangkinan pergerakan transposon ke bahagian lain genom melalui pelbagai mekanisme. Integrase retroviral adalah enzim yang membantu integrasi bahan genetik retrovirus seperti HIV ke dalam bahan genetik (DNA) sel tuan rumah ia menjangkiti. Ini adalah Perbezaan utama antara transposase bakteria dan integrasi retroviral.

Kandungan

1. Gambaran Keseluruhan dan Perbezaan Utama
2. Apakah transposase bakteria
3. Apakah integrasi retroviral
4. Persamaan antara transposase bakteria dan integrasi retroviral
5. Perbandingan sampingan - transposase bakteria vs integrasi retroviral dalam bentuk jadual
6. Ringkasan

Apakah transposase bakteria?

Transposase boleh ditakrifkan sebagai enzim yang terikat pada akhir transposon yang memudahkan pemangkinan pergerakan transposon ke bahagian lain genom melalui pelbagai mekanisme. Mekanisme sedemikian termasuk 'mekanisme pemotongan dan tampal' dan 'mekanisme transposisi replika'. Transposase mula -mula diperkenalkan melalui pengklonan enzim yang diperlukan untuk transposisi transposon TN3. Dua strategi penting telah digunakan oleh elemen genetik transposable untuk anjakan antara genom atau dari satu tapak ke tapak yang lain. Pengangkutan melalui perantaraan RNA sebelum sintesis salinan DNA adalah satu strategi manakala yang lain terikat kepada perantaraan DNA sahaja. Reaksi rekombinasi yang terlibat dalam integrasi kedua-dua elemen berlaku kerana enzim spesifik unsur. Oleh itu, dalam contoh unsur -unsur DNA, enzim -enzim ini dikenali sebagai transposase manakala dalam contoh unsur RNA, mereka dikenali sebagai integrasi.

Apabila membandingkan perbezaan antara kedua -dua strategi transposisi, proses penyisipan kelihatan sama dengan kimia. Tetapi, bukti baru -baru ini mencadangkan bahawa persamaan tertentu dalam mekanisme integrasi dilihat di kawasan urutan asid amino yang membentuk tapak aktif; Motif DDE. Lima keluarga transposase diklasifikasikan pada masa ini tetapi bilangan keluarga belum meningkat dengan watak transposase baru. Keluarga termasuk transposase DDE, tirosin (Y) transposase, transposase serine, transposase bulatan rolling, transcriptases terbalik/endonucleases (rt/en) dan lain -lain. Keluarga -keluarga ini menggunakan mekanisme pemangkin yang unik untuk melanggar dan menyertai semula DNA. Transposase DDE melibatkan dalam mekanisme pemotongan dan tampal transposon asal dan membawa tiga set asid amino yang dipelihara iaitu; Aspartate (d), aspartat (d) dan glutamat (e). Transposase tirosin juga melibatkan dalam mekanisme pemotongan dan tampal dengan penggunaan sisa tirosin, yang khusus tapak.

Rajah 01: transposase bakteria

Transposase serina melibatkan pertengahan DNA bulat dan menjalankan mekanisme pemotongan dan tampal seperti keluarga di atas. Transposase bulatan rolling melibatkan dalam mekanisme salinan di mana satu helai tunggal disalin terus ke tapak sasaran melalui replikasi DNA. Ini memastikan bahawa helai templat dan helai yang disalin mempunyai helai yang baru disintesis. Transposase transcriptases/endonucleases terbalik mempunyai pelbagai mekanisme untuk transposisi.

Apakah integrasi retroviral?

Dalam konteks integrase retroviral, ia dianggap sebagai enzim retroviral yang membantu dalam integrasi bahan genetik retrovirus seperti HIV ke dalam bahan genetik (DNA) sel yang dijangkiti. Integrasi retroviral ini paling sering dikelirukan dengan integrasi phage. Contoh untuk integrasi phage adalah integrasi λ phage. Tetapi ini adalah enzim yang sama sekali berbeza dan tidak boleh dikelirukan. Berkenaan dengan pembentukan kompleks pra-integrasi retroviral, integrase retroviral memainkan peranan utama. Protein integrase retroviral biasanya terdiri daripada tiga (03) domain kanonik. Domain ini dihubungkan dengan penghubung yang fleksibel.

Tiga domain termasuk domain zink yang mengikat terminal N di mana tiga berkas helical disambungkan dan stabil melalui koordinasi dengan penglibatan Zn²⁺ kation, domain teras pemangkin lipat RNase H dan domain mengikat DNA terminal C, yang merupakan lipatan SH3. Dengan penyiasatan dan melalui maklumat biokimia dan struktur, ia menunjukkan bahawa integrase retroviral mempunyai keupayaan untuk berfungsi sebagai dimer dimmers (tetramer). Dalam konteks multimerisasi dan pengikatan DNA virus, ketiga -tiga domain protein integrase retroviral. Fungsi utama integrase retroviral adalah memasukkan bahan genetiknya untuk menjadi tuan rumah DNA. Langkah ini adalah langkah paling penting dalam replikasi virus virus HIV. Setelah berjaya disatukan, ia akan berada di dalam DNA kromosom sel untuk sepanjang hayatnya.

Rajah 02: integrasi retroviral

Oleh itu, setelah bersepadu tidak ada pulangan untuk sel. Integrasi retroviral ini melibatkan pemangkin dua reaksi utama termasuk pemprosesan akhir 3 'dan ligation kovalen. Semasa pemprosesan akhir 3 ', 2-3 nukleotida dari kedua-dua 3' hujung DNA virus dikeluarkan dengan niat untuk mendedahkan dinucleotides CA dari 3 'hujung DNA virus, dan semasa ligation kovalen, hujung 3' yang diproses dari hujung 3 ' DNA virus disambungkan kovalen ke dalam DNA kromosom tuan rumah.

Apakah persamaan antara transposase bakteria dan integrasi retroviral?

• Kedua -dua transposase bakteria dan integrasi retroviral mempunyai urutan asid amino yang serupa.

Apakah perbezaan antara transposase bakteria dan integrasi retroviral?

Ringkasan -bakteria Transposase vs integrase retroviral 

Transposase bakteria dianggap sebagai enzim retroviral yang membantu dalam integrasi bahan genetik retrovirus seperti HIV ke dalam bahan genetik (DNA) sel yang dijangkiti. Dua strategi penting telah digunakan oleh elemen genetik transposable untuk anjakan antara genom atau dari satu tapak ke tapak yang lain. Lima keluarga transposase diklasifikasikan pada masa ini tetapi bilangan keluarga belum meningkat dengan watak transposase baru. Integrase retroviral, ia dianggap sebagai enzim retroviral yang membantu dalam integrasi bahan genetik retrovirus seperti HIV ke dalam bahan genetik (DNA) sel yang dijangkiti. Protein integrase retroviral biasanya terdiri daripada tiga (03) domain kanonik. Fungsi utama integrase retroviral adalah memasukkan bahan genetiknya untuk menjadi tuan rumah DNA. Langkah ini adalah langkah paling penting dalam replikasi virus virus HIV.  Oleh itu, setelah bersepadu tidak ada pulangan untuk sel. Ini adalah perbezaan antara transposase bakteria dan integrase retroviral.

Muat turun pdf transposase bakteria vs integrasi retroviral

Anda boleh memuat turun versi PDF artikel ini dan menggunakannya untuk tujuan luar talian mengikut nota petikan. Sila muat turun versi PDF di sini: Perbezaan antara transposase bakteria dan integrasi retroviral

Rujukan:

1.Vigil-Stenman, Theoden, et al. "Kelimpahan yang tinggi dan ekspresi transposase dalam bakteria dari Laut Baltik."Jurnal ISME, Vol. 11, tidak. 11, 2017, pp. 2611-2623., doi: 10.1038/Ismej.2017.114.
2.Polard, P, dan M Chandler. "Transposase bakteria dan integrasi retroviral."Mikrobiologi Molekul., U.S. Perpustakaan Perubatan Negara, Jan. 1995. Terdapat di sini  
3.Andrake, Mark D., dan Anna Marie Skalka. "Integrase retroviral: Kemudian dan sekarang."Kajian Tahunan Virologi, Vol. 2, tidak. 1, Sept. 2015, ms. 241-264., doi: 10.1146/Annurev-Virologi-100114-055043.

Ihsan gambar:

1.'Mekanisme potong dan tampal transposisi'by alana gyemi, (cc by-sa 4.0) melalui Commons Wikimedia  
2.'Pdb 1wjd ebi'by jawahar swaminathan dan kakitangan MSD di Institut Bioinformatik Eropah (Domain Awam) melalui Commons Wikimedia